По сравнению с Sonic The Hedgehog 4: Episode I, второй эпизод может похвастаться улучшенным геймплеем, графикой и новой способностью главных героев – командной работой, которая является ключом для успешного прохождения. В этот раз в игру вплетены уровни из второй части похождений синего ежа, где локации переработаны под дополненный геймплей. Также в игру был добавлен co-op для совместного прохождения по локальной сети или по интернету.