Дорога к центру Зоны открыта. Пользуясь этим, правительство пытается провести крупномасштабную операцию "Фарватер" и при помощи военных взять АЭС под свой контроль. Сначала для разведки с воздуха должна отправиться группа военных, чтобы составить подробную карту аномальных зон. Затем по этим наработкам по суше двинется основная военная сила.

Однако операция с треском проваливается: почти все вертолеты терпят крушения и теперь правительству необходимо узнать о причинах фиаско. СБУ посылает своего агента, которым окажется тот, кто смог купить STALKER: Зов Припяти. Дальнейшие события зависят только от игрока.