Действие A.I.M.2 Clan Wars происходит через некоторое время после того как закончилась первая игра серии. Многое поменялось: некоторые кланы исчезли, механоиды получили новые возможности, а в мире настало временное равновесие, и никто не мог отвоевать что-либо в свою пользу. Члены клана из прошлого, Считающие, начали искать того, кто сможет вернуть в Полигон самого первого механоида пятого поколения – и такой человек нашёлся, что казалось до этого невозможным. Этим героем был глава недавно уничтоженного клана, который потерял всё, что имел. Он отправился в путь в надежде вернуть себе былую славу. Но закончится ли его путь успешно?